Фамилия Киткин образована от имени или прозвища Китка. Самая убедительная версия связывает Китку со словом «кить» — так в пермских и сибирских говорах называют мокрый снег, который валит хлопьями. Скорее всего, Киткой родители назвали ребёнка, родившегося в такую погоду: в крестьянской среде имя могли дать по обстоятельствам появления на свет. Потомки этого человека со временем получили фамилию Киткины.

Модель образования простая и прозрачная: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Китки». Это типичная патронимическая фамилия, одна из самых распространённых в русском ономастиконе наряду с фамилиями на -ов.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «китка» (уменьшительное от «кита»), которое в некоторых говорах обозначало верёвку, связку или пучок. Тогда прозвище могло относиться к занятию или внешности человека. Однако «кить» как название снегопада встречается в словарях чаще и географически привязано к тем же регионам, где фамилия бытует до сих пор — Урал и Сибирь.

Фамилия редкая, в центральных областях России почти не встречается. Это как раз тот случай, когда по фамилии можно примерно определить, откуда родом предки: скорее всего, из Пермского края или Зауралья.