Фамилия Киткины (и её мужская форма Киткин) образована по самой распространённой в России модели — от прозвища с помощью суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Киткин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Китка.

Прозвище Китка, в свою очередь, скорее всего, связано со словом «кить». В пермских и сибирских говорах так называли мокрый снег, который валит хлопьями. Могли прозвать Киткой ребёнка, родившегося в такую погоду, — распространённый народный обычай давать имя по обстоятельствам появления на свет. Реже, но тоже возможно, что прозвище восходит к диалектному «кита» — так в некоторых областях называли жгут из соломы или верёвку (ср. «китина» — стебель, прут). В этом случае Киткой могли назвать человека за какую-то внешнюю или бытовую черту.

Географически фамилия тяготеет к северным и уральским регионам: в переписях и архивных записях Киткины чаще всего встречаются в бывшей Вятской губернии, в Пермском крае и Сибири — как раз там, где слово «кить» было в ходу. В центральных областях фамилия редка.

О точном времени возникновения фамилии Киткин говорить сложно: процесс закрепления прозвищ в фамилии шёл несколько столетий, но можно предположить, что окончательно она оформилась не позднее XVII — начала XVIII века, когда крестьянские фамилии на -ин стали массово фиксироваться в документах. В отличие от многих фамилий на -ов, которые образовывались от имён на твёрдый согласный, Киткин стоит в ряду фамилий, образованных от основ на -а/-я (ср. Путя — Путятин, Федя — Федякин), но с усечением основы: Китка — Киткин, а не Киткаин.

Фамилия не имеет отношения к слову «кит»: ударение в исходном прозвище падало на первый слог, и писали её через «и», а не через «е» (Кеткин — это уже другое, от имени Кет или от «кет» — рыба). Так что Киткины — это не «китовые», а потомки человека, которого когда-то назвали в честь мокрого снегопада, верёвочного жгута или по другой деревенской примете.