Фамилия Кицунов — редкий пример, где исконно русская модель образования на -ов наложилась на украинскую основу. Вопреки возможному предположению о связи с японским словом «кицунэ» (лиса), корень здесь славянский, и разбирать его стоит с оглядкой на южнорусские и малороссийские говоры.

В основе фамилии лежит нецерковное имя или прозвище Кицун. Оно напрямую связано с украинским словом «кицька» — кошка, кот. Уменьшительно-ласкательный суффикс -ун- (как в словах «говорун», «скакун») превращает «кицю» в «кицуна» — зверька или человека с кошачьими повадками. Такая модель словообразования типична для прозвищ, описывающих характер: Кицуном могли назвать хитрого, льстивого или лукавого человека, который крадется мягко, как кошка.

Обычай давать детям «кошачьи» имена (Кот, Кошка, Котенок) был частью древней славянской традиции. Считалось, что, назвав ребенка Кицуном, родители обманывают злые силы, показывая, что перед ними не человеческий детеныш, а звериный. Заодно имя должно было передать мальчику кошачью ловкость, живучесть и хозяйственную сметку. Позже, при оформлении официальных фамилий, к прозвищу Кицун добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, что означало «сын Кицуна». Так украинское по корню прозвище превратилось в фамилию по русскому образцу.

Фамилия Кицунов встречается нечасто, что указывает на её локальное происхождение. Вероятнее всего, первоначально она бытовала в пограничных регионах — на юге России, в бывших Слобожанщине или Новороссии, где смешивались русские и украинские говоры. В отличие от более распространённых Котова или Кошкина, фамилия Кицунов сохранила именно украинскую фонетику основы, что делает её точным маркером происхождения предка из малороссийской языковой среды.