Фамилия Кижваткина хранит память о происхождении человека, передаваясь из поколения в поколение. Её основа — имя Кижватка, одна из производных форм старинного мордовского имени Кежеват. Это имя образовали от эрзянского слова «кежей» («сердитый, злой»), добавив характерный мордовский именной суффикс -ват.

Такие имена могли отражать черты характера младенца: возможно, основатель рода Кижваткиных в детстве был малообщительным и малоулыбчивым. Но не менее вероятна и охранная версия. Родители могли наречь ребёнка «сердитым» именем, чтобы обмануть злых духов и уберечь его от сглаза, надеясь на самом деле вырастить здорового и красивого мальчика. Подобная двойственность — прямое указание на характер, но с защитной функцией — типична для многих дохристианских имён финно-угорских народов.

В официальных документах фамилия встречается у ветеранов Великой Отечественной войны из Алтайского края: Кижваткин Иван Иванович (1921 г. р.) и Кижваткин Николай Иванович. Эта региональная привязка не случайна: Алтай стал одним из мест, куда в разное время переселялись мордовские крестьяне, и фамилия сохранилась там в своей исходной форме.