Фамилия Клёфас — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение напрямую связано с библейским текстом. Основа фамилии восходит к имени Клёфас (в некоторых переводах — Клопас), которое встречается в Новом Завете. Точное значение этого имени не выяснено; лингвисты предполагают, что у него арамейские корни, но единой расшифровки нет. В Евангелии от Иоанна упоминается некий Клёфас как муж одной из женщин, стоявших у креста во время распятия Иисуса. Эта прямая отсылка к Священному Писанию даёт основание полагать, что фамилия имеет еврейские корни.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Клёфас стоит особняком. В русской традиции фамилии чаще всего оформлялись суффиксами -ов, -ев, -ин. Здесь же мы видим чистую основу библейского имени без какого-либо патронимического суффикса. Это характерно для поздних фамилий, которые могли закрепиться в среде духовенства или в семьях, где имя предка воспринималось как фамильное прозвище без переоформления. Возможно, фамилию дали в семинарской среде: выпускникам духовных училищ нередко присваивали фамилии по библейским персонажам, и Клёфас — один из таких редких примеров.

География бытования фамилии узкая. В дореволюционных источниках Клёфасы встречаются преимущественно в западных губерниях Российской империи, особенно на территории современной Беларуси и Украины. Это подтверждает версию о том, что фамилия могла попасть в русский язык через церковнославянские тексты и закрепиться в православной или униатской среде. Встречаются также варианты написания с буквой «е» вместо «ё» — Клефас, что связано с особенностями передачи ударения в документах.

Есть и альтернативная, менее правдоподобная гипотеза: некоторые исследователи выводят фамилию от греческого «клефт» (вор, разбойник), но это объяснение не выдерживает критики — фонетически и семантически связь слабая, а библейский контекст намного убедительнее.

Таким образом, фамилия Клёфас — это не просто фамилия, а прямой след библейской истории, закреплённый в русском быту. Её носители, скорее всего, были либо выходцами из духовного сословия, либо потомками людей, получивших фамилию по церковной книге.