Фамилия Клён — одна из тех, что образована напрямую от названия дерева, минуя типичные суффиксы. В русской ономастике это редкий случай: большинство «растительных» фамилий оформлены суффиксами -ов (Кленов) или -ин (Кленин). Форма без суффикса, как Клён, — признак более позднего происхождения или влияния украинской и белорусской традиции, где такие «голые» фамилии встречаются чаще.

В основе лежит мирское имя Клён. У славян существовал обычай давать ребёнку имя по названию дерева или растения — так родители желали ему здоровья, силы или связи с природой. Однако с клёном связан и мощный пласт народных верований. У западных и восточных славян клён считался деревом, в которое мог быть превращён человек, — отсюда запреты: кленовые дрова не использовали для печи, листья не подкладывали под хлеб, а гроб из клёна не делали. На Троицу и в день Божьего Тела, напротив, ветками клёна украшали дома и ворота — это считалось защитой и символом жизни.

Не исключено, что фамилия пошла не от личного имени, а от прозвища Клён. Так могли назвать человека, чей дом стоял в кленовой роще или кто постоянно работал с древесиной этого дерева — например, делал из него прялки, ложки или музыкальные инструменты (клён ценится за звонкость и лёгкость обработки). Прозвище закреплялось за одним человеком и переходило к его детям уже как фамилия, без дополнительных суффиксов — явление, характерное для южнорусских и украинских говоров.

География фамилии тоже показательна. Клён встречается в основном на западе России, в Беларуси и на Украине, где форма «Клён» как фамилия более привычна, чем в центральных регионах. В старых писцовых книгах и ревизских сказках эта фамилия почти не фиксируется — видимо, она оформилась позже, уже после отмены крепостного права, когда крестьяне могли свободнее выбирать или получать фамилии при переписях.

В словарях (например, у Б. Унбегауна) фамилия Клён обычно приводится в ряду «нестандартных», без суффикса, и указывается на её возможное украинское или белорусское происхождение. Спор между версиями «мирское имя» и «прозвище» не имеет однозначного решения, но вторая выглядит убедительнее: слишком много бытовых примет и занятий связано с клёном, чтобы не возникло прозвища по роду деятельности или месту жительства.