Фамилия Кленин образована от имени, а не от дерева. В её основе лежит просторечная форма Кленя, которая восходит к двум возможным источникам. Первый — церковное имя Клеоник (в переводе с греческого — «славный победитель»). Второй — имя Клементий (от латинского «милостивый»; в греческой передаче имеет также значение «виноградная лоза»). Оба варианта правдоподобны, так как уменьшительная форма Кленя могла одинаково легко возникнуть как от Клеоника, так и от Клементия.

Выбор между двумя версиями не всегда очевиден, но вот что помогает: в «Ономастиконе» С. Б. Веселовского зафиксировано упоминание Клени Степановича Алабина (1579 год, Ряжск). Это одна из ранних документальных записей бытовой формы имени, которая впоследствии дала фамилию.

Фамилия строится по стандартной модели: к основе Клен- добавляется суффикс принадлежности -ин, который отвечает на вопрос «чей?». То есть Кленин буквально означает «сын Клени» или «потомок Клени». По своему типу это типичная русская «патронимическая» фамилия.

Существует также вариант написания с буквой «ё» — Клёнин. Он указывает на иное произношение исходного имени в говорах: Клёня вместо Кленя. По сути, это та же фамилия, но в диалектном оформлении. И в том и в другом случае связь с названием дерева (клён) случайна — корень здесь именной, а не растительный.