Фамилии Кленин и Клёнин — это варианты написания одной и той же родовой фамилии, различающиеся только буквой «ё». В документах и бытовой записи «е» и «ё» часто взаимозаменяемы, поэтому оба написания принадлежат одному роду. По своему происхождению фамилия относится к древнему типу русских отчеств, образованных с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: «чей?» — Кленин, то есть сын или потомок человека по имени Кленя.

Само имя Кленя — это сокращённая, обиходная форма старинного крестильного имени Клеоник. Имя Клеоник пришло на Русь из греческого языка и означает «славный победитель». Вполне возможно, что в некоторых случаях Кленя могло быть уменьшительным вариантом от имени Клементий (от латинского «милостивый»), но основная и наиболее прямая версия — связь именно с Клеоником. Имена, начинающиеся на «Клео-» (Клеопатра, Клеоник), в древности были довольно распространены в православных святцах, что и объясняет появление производных форм в народе.

Таким образом, предок современных Клениных (или Клёниных) в быту звался Кленей — так родные и соседи сокращали его полное церковное имя. Со временем, когда на Руси закрепилась традиция передавать прозвище или отчество по отцу в неизменном виде, за его детьми и закрепилось фамильное прозвание Кленины. Точную дату и место возникновения фамилии установить сложно — процесс становления фамилий занял несколько столетий, но сам тип фамилии на -ин, образованный от имени на -я, характерен для северных и центральных областей России.