Фамилия Кленецкая — женская форма от Кленецкий, и её ключ не в дереве, а в географии. Основа «Клен-» здесь не обязательно указывает на клён как на растение; в русской ономастике топонимические фамилии на -ский/-цкий часто происходят от названий населённых пунктов. В Польше, Беларуси и на западе России есть несколько мест с корнем «Клен»: например, деревни Клени, Кленово, а также Кленец — село в бывшей Гродненской губернии или в Минской области. Житель такого места получал прозвище Кленецкий, то есть «тот, кто из Кленца». Суффикс -цкий (вариант -ский) в этой модели указывает на принадлежность к местности, и фамилия закрепилась за потомками выходцев оттуда.

Менее вероятна, но не исключена версия от прозвища Кленец — человека, жившего у кленовой рощи или занимавшегося заготовкой кленовой древесины. Однако для фамилий с окончанием -цкий типична именно географическая привязка: так образовывались фамилии дворян и шляхты по названиям имений, а также крестьян, переселившихся из одной деревни в другую. В польской традиции, где фамилии на -цкий особенно распространены, Кленецкий мог звучать как Kleniecki и указывать на гербовую шляхту, но без архивных данных утверждать это рискованно.

Встречается фамилия в основном в западных регионах России, в Беларуси и среди потомков переселенцев в Сибирь. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Кле́нецкая, хотя в разговорной речи возможны варианты. Если искать однокоренные фамилии, то Кленов, Кленовский, Кленкин — они образованы по другим моделям (от имени, от дерева, от прозвища), и Кленецкая стоит особняком именно из-за своего топонимического суффикса.