Фамилия Клетинина — яркий пример «материнской» фамилии, то есть образованной не от отца, а от матери. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Клетинина — «дочь (или жена) Клетины». Такую форму обычно давали детям, если мать была вдовой, имела сильный характер или пользовалась особым уважением в общине. В русских говорах фамилии на -ин от женских прозвищ встречаются реже, чем от мужских, поэтому Клетинина — случай, который стоит особняком.

Основа фамилии — прозвище Клетина. В древнерусском языке «клеть» означала не только амбар или кладовую, но и избу, жилое помещение, а также отдельную комнату в доме. Клетиной могли назвать женщину, которая жила в отдельной клети — например, приживалку, вдову, живущую в пристройке, или просто домоседку, редко покидающую свои покои. Реже прозвище давали по профессии: так могли называть ключницу или хозяйку, ведавшую кладовыми и запасами.

Словообразовательная модель здесь двойная: сначала женское прозвище Клетина, затем от него — фамилия Клетинина. Если бы фамилия пошла от мужского имени Клета или Клетин, она звучала бы как Клетинов. Форма на -ина однозначно выдает женскую основу, что для русских фамилий XVII–XIX веков — признак либо нестандартной семейной ситуации, либо влияния местных говоров, где так называли дочерей по матери.

В ономастических справочниках фамилия Клетинина не относится к числу распространенных. Она встречается в центральных и северных областях России, особенно в костромских и вятских землях, где слово «клеть» в значении «изба» сохранялось дольше всего. Есть и другая версия: прозвище могло возникнуть от глагола «клетить» — строить, городить, но она менее убедительна, так как глагольные прозвища обычно давали мужчинам.

В дореволюционной России Клетинины чаще всего были крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает ее простонародное происхождение: прозвище, данное по бытовой детали или месту обитания, редко поднималось выше податных сословий.