Фамилия Клиенко — яркий пример восточнославянской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, характерный прежде всего для украинской ономастики, означает «маленький», «сын» или «потомок». Таким образом, Клиенко — это буквально «сын или потомок Клима».

В основе фамилии лежит каноническое имя Клим (разговорная форма от Климент), которое происходит от латинского «clemens» — «милостивый», «снисходительный». В народной среде имя было широко распространено, что породило множество производных форм: Климко, Клименко, Климович и, конечно, Клиенко. Последний вариант интересен тем, что в нём произошло упрощение сочетания «м-е» в «е»: основа «Клим» + суффикс «-енко» дали «Клименко», а затем, в результате ассимиляции или диалектного произношения, «м» выпало, и закрепилась форма «Клиенко». Такие фонетические изменения не редкость в живом языке.

Географически фамилия тяготеет к территории современной Украины, особенно к её центральным и восточным областям, а также к южным регионам России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто носили великорусские крестьяне, фамилии на -енко долгое время оставались маркером украинского происхождения рода. Сословная принадлежность предков Клиенко, скорее всего, была крестьянской или казачьей: в реестрах Запорожского войска встречаются фамилии на -енко, указывающие на происхождение от отца по имени.

Стоит различать фамилию Клиенко и редкую польскую фамилию Клиенко (Klieńko), которая могла возникнуть от прозвища «klien» — «клин» или от названия инструмента, но в русскоязычной среде основной версией остаётся связь с именем Клим. Таким образом, для носителя фамилии Клиенко главная линия предков восходит к человеку по имени Клим, который жил несколько столетий назад.