Фамилия Климишен образована от имени Клим, народной формы крестильного имени Климент (от латинского clemens — «милостивый, снисходительный»). Но интересна не столько основа, сколько суффикс, который сразу выдает путь, каким фамилия попала в русский язык. Окончание -ен, а не привычные -ов, -ев или -ин, указывает на украинское или белорусское происхождение. В этих языках патронимический суффикс -енко со временем мог редуцироваться до -ен, а фамилии на -ишен, -ишенко особенно типичны для правобережной Украины и юго-западных областей Беларуси. Таким образом, Климишен — это «сын Клима», то есть прямой потомок человека по имени Клим.

Модель образования здесь простая: к основе Климиш- (где суффикс -иш- мог выполнять роль уменьшительности или принадлежности) добавили -ен. Встречаются и варианты написания — Климишен, Климишин, Климишена, что связано с разной передачей звука «и» на письме в документах XIX–XX веков. Географически фамилия тяготеет к Подолью, Волыни, а также к Черниговской и Полтавской губерниям. В современной России носители Климишен встречаются редко, чаще — на юге и в центральных областях, куда переселялись крестьяне в ходе столыпинской реформы.

Носитель фамилии в XVIII–XIX веках, скорее всего, был крестьянином или мещанином. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Смысл прозвища, от которого пошло имя, со временем стерся: Климом могли назвать и в честь святого Климента, папы Римского, и просто как популярное в народе имя. Единственная деталь, которая выделяет фамилию среди десятков однокоренных — это её «обрусевшая» форма: в чисто украинском варианте она звучала бы как Климишенко, а окончание -ен здесь — след адаптации к русской грамматике, где фамилии на согласный склоняются по мужскому роду.