Фамилия Климишена — яркий пример того, как украинская и белорусская словообразовательная модель закрепилась в русском ономастиконе. В её основе лежит каноническое имя Клим (разговорная форма от Климент, что в переводе с латинского означает «милостивый»). Но ключевая особенность — суффикс «-енк(о)», который в восточнославянских языках указывал на отчество или принадлежность к роду: «чей?» — Климишин, то есть «сын Клима». Со временем конечное «-о» в фамилиях этого типа могло редуцироваться или, под влиянием местных говоров, переходить в «-а», дав форму Климишена.

Этот суффикс («-енко») был особенно распространён в Поднепровье и на Левобережной Украине, а также в южных районах Беларуси. Носители фамилии Климишена, скорее всего, происходят именно из этих регионов. Если же рассматривать более редкий вариант — с суффиксом «-еня», который встречается в белорусском языке (Климишеня), то форма на «-а» могла возникнуть как русифицированный вариант при переезде в центральные губернии.

Таким образом, предок современного носителя фамилии был, вероятно, простым крестьянином или казаком, которого в официальных документах записали по отцу — Климу. Фамилия не указывает на сословную принадлежность, а чётко фиксирует родство: «внук Клима». Отсутствие дворянских приставок или суффикса «-ский» говорит о том, что фамилия сформировалась в среде, где главным идентификатором человека было имя деда или отца, а не земельное владение.

Встречаются также варианты написания через «ы» — Климишена, что может быть следствием акающего произношения или ошибки писаря. Но независимо от буквы, корень остаётся неизменным. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Клименко, Климович, Климов, — то Климишена стоит особняком: она сохранила уменьшительно-ласкательную форму имени (Клим — Климиш), что делает её более «домашней» по происхождению.