Фамилия Клинишев — редкий случай, когда неочевидная основа сочетается с ясной словообразовательной моделью. На первый взгляд корень кажется иноязычным, но при ближайшем рассмотрении оказывается, что фамилия образована по самому что ни на есть русскому типу.

Разбираем по составу: основа «Клиниш» и суффикс «-ев». Суффикс «-ев» (как и «-ов») — это классический русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: «чей?» — «Клинишев», то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Клиниш. Такая форма характерна для фамилий, возникших в среде крестьян и мещан центральной России и Поволжья.

Самая правдоподобная версия происхождения основы «Клиниш» — от имени или прозвища Клим (каноническая форма Климент). В разговорной речи имя Клим могло получать уменьшительно-ласкательные варианты: Климка, Климуха, Клиня. Форма «Клиниш» — это диалектное или просторечное образование с суффиксом «-иш», который в русских говорах иногда придавал именам ласкательный или фамильярный оттенок (сравните: Ваня — Ваниш, Петя — Петиш). Таким образом, Клиниш — это «маленький Клим» или «Клим, которого ласково звали».

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с профессией. В некоторых говорах слово «клиниш» могло быть вариантом названия «клинник» — мастера, изготовлявшего клинья (для орудий, для одежды). Однако такая версия слабее, потому что прозвища по профессии обычно закреплялись в форме «Клиник» или «Клинник», а не «Клиниш».

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где имя Клим было особенно распространено. Встречается она редко, что говорит о локальном характере её возникновения — скорее всего, в одном или нескольких соседних селах.

В сословном отношении носители фамилии Клинишев, судя по модели образования, были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано. Так что, скорее всего, предки человека с фамилией Клинишев — это крестьяне, чей родоначальник носил ласковое прозвище Клиниш, производное от имени Клим.