Фамилия Клинишова — женская форма, мужская — Клинишов. Она образована по типичной русской модели с суффиксом -ов-, что указывает на принадлежность к роду человека по имени или прозвищу Клиниш. В центре внимания здесь не географическая привязка, а редкая основа, которая ставит перед исследователем несколько загадок.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «клин» — в разных говорах так называли не только геометрическую фигуру или участок земли, но и ремесленный инструмент (например, у сапожников или плотников), а также узкую полосу пашни. Прозвище Клиниш мог получить либо мастер, работавший с клиньями, либо человек, владевший узким наделом земли. Суффикс -иш- в основе может быть уменьшительно-пренебрежительным или, наоборот, усилительным (ср. «домишко» и «домина»). Второй вариант — отчество от канонического имени Клим (Климент), но переход «Клим → Клиниш» фонетически менее естественен, хотя и возможен в говорах, где «н» вставлялось для благозвучия.

Фамилия редкая, её очаги, скорее всего, находятся в центральных и северных областях России, где были распространены прозвища от земельных и ремесленных терминов. В дореволюционных списках она не фигурирует как дворянская — это однозначно крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвище закреплялось за целым родом. В отличие от массовых фамилий вроде Кузнецов или Попов, Клинишовы не разошлись широко, поэтому носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких соседних деревень.

Интересно, что вариант с двумя «н» (Клиннишов) встречается ещё реже и может указывать на иное произношение в конкретном говоре. В любом случае, фамилия хранит память о прозвище, которое было дано предку по занятию, внешности или владению землёй — и эта связь с конкретным ремеслом или участком делает её более «осязаемой», чем многие отчества от имён.