Фамилия Клиторов — одна из тех, где прозрачная основа прячет за собой неочевидную профессиональную историю. Вопреки ожиданию, её корень лежит не в церковной сфере, а в ремесле: «клитор» — это не церковный чин, а псковское и тверское диалектное название плотника, того, кто колет, тешет и рубит. Глагол «клиторить» означал «плотничать», «строгать», а само слово родственно «колоть», «клинья». Так что предок носителя этой фамилии был, скорее всего, не священником, а строителем — человеком, который ставил избы, мосты и хозяйственные постройки.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «сын Клитора», то есть сын плотника. Форма на -ов, а не на -ин, говорит о том, что исходное прозвище (а позже и мирское имя) было мужского рода с твёрдой основой. Это одна из самых распространённых моделей в центральной и северной России, что делает фамилию Клиторов типичной по форме, но редкой по содержанию — из-за узкой локальной привязки слова «клитор».

Стоит отметить, что в общерусском литературном языке слово «клитор» не закрепилось, оно осталось в диалектах Псковщины и Тверщины. Поэтому география фамилии может указывать на исходный ареал предков: скорее всего, северо-западные области России. В других регионах эту фамилию могли бы переосмыслить в сторону церковной лексики (по созвучию с «клир», «клирик»), но этимологически плотницкое происхождение надёжнее — оно подтверждается живым употреблением глагола в говорах XIX века.

Встречается также вариант написания с одной «т» — Клиторов, но это скорее орфографическая случайность, чем смысловая разница. Фамилия не относится к дворянским и не фиксируется в родословных книгах, что логично: плотники и строители составляли основу податного сословия.