Фамилия Клоопцов — одна из тех, где за необычным звучанием скрывается простая и конкретная история. В её основе лежит не имя и не географическое название, а прозвище, связанное с ремеслом или промыслом. Скорее всего, Клоопцов — это вариант фамилии Клопцов, где корень «клоп» указывает на занятие предка: он мог быть охотником на клопов, истреблявшим насекомых в домах, или же сборщиком клопов для изготовления лекарственных снадобий. В старину такое ремесло было вполне реальным, хоть и не самым престижным. Фонетическое изменение «п» на «о» — вставной гласный для удобства произношения — дало форму Клоопцов, которая встречается реже, чем исходная.

Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: Клоопцов буквально означает «сын Клоопца» (Клопца). Если отбросить суффикс, остаётся основа Клоопец — уменьшительная форма от «клоп». Такая словообразовательная модель типична для прозвищных фамилий: сначала человека дразнили Клопом или Клопцом за маленький рост, назойливость или профессию, а затем это прозвище закрепилось за его потомками.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и белорусским землям, где диалектное произношение могло смягчать звуки. Встречается она редко, и это не случайно: прозвище было нелестным, поэтому носители могли менять его на более благозвучные варианты. Встречаются также однокоренные фамилии Клопов, Клопцов, Клопотенко — все они восходят к тому же корню.

Исторических документов с упоминанием Клоопцовых сохранилось немного, что типично для фамилий низших сословий: крестьян и мещан. В ревизских сказках XVIII–XIX веков можно встретить форму Клопцов, а вариант с двойным «о» — скорее всего, результат случайной описки или местного говора. Тем не менее, именно такая запись и осталась в документах, закрепившись за конкретной ветвью рода.