Фамилия Клубиков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с растением, а с формой и фактурой. Самое очевидное и самое правдоподобное объяснение: её дали человеку с круглым, полным лицом или фигурой — «клубок», «клубень». В русских говорах «клубом» или «клубиком» называли нечто сбитое, плотное и шарообразное. Слово «клубиться» (виться, вздыматься клубами) тоже могло сыграть роль, но скорее в переносном смысле, описывая внешность или даже характер — например, бурного, «клубящегося» энергией человека.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Клубиков — сын Клубика, то есть человека с прозвищем Клубик. В отличие от фамилий на -ин (типа Клубикин), форма на -ов чаще встречалась в центральных и южных регионах России, где было сильнее влияние церковнославянской традиции именования. Если бы корень был связан с ягодой (клубника), мы бы скорее увидели фамилию Клубничкин или Клубников — с характерным суффиксом -ичк-.

Стоит упомянуть и менее очевидную, но возможную версию: в некоторых говорах «клубить» означало «сбивать масло» или «мешать густую массу». Тогда Клубик — прозвище маслодела или повара, работавшего с тестом или творогом. Однако эта гипотеза слабее, так как не имеет широкой лексикографической поддержки.

Фамилия редкая, в дореволюционных переписях почти не встречается, что говорит о её позднем закреплении или локальном бытовании. Поиск по современным базам показывает, что Клубиковы живут в основном в центральной России и Поволжье — там, где слово «клуб» в значении «шар» было в ходу. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская: фамилии от прозвищ по внешности давали людям простого звания, без привязки к ремеслу или поместью.