Фамилия Клянин — одна из тех, что хранит память о прозвище, а не о крестильном имени. В её основе лежит слово «кляня», которое в русских говорах имело нелестное значение. Прежде всего, оно связано с глаголом «клясть» — ругать, бранить, желать зла. Прозвище Кляня могли дать человеку с тяжёлым, сварливым нравом, который постоянно был недоволен и сыпал проклятиями. Однако это не единственная версия.

В новгородских, смоленских и тамбовских говорах «кляня» (или «клятя») означало скупца, скрягу, человека подлого и корыстного. То есть прозвище могло указывать на жадность и мелочность. Таким образом, фамилия Клянин — это отчество второго порядка, отвечающее на вопрос «чей сын?»: сын Кляни. Со временем форма на -ин закрепилась как фамильная, и потомок человека с таким прозвищем стал Кляниным.

Интересно, что суффикс -ин в этой фамилии типичен для северных и центральных регионов России. Это косвенно подтверждает географию бытования самого прозвища (Новгород, Смоленск, Тамбов). В отличие от фамилий на -ов (которые чаще встречаются на юге и востоке), Клянин указывает на основу, оканчивающуюся на гласный или мягкий согласный.

У фамилии есть и менее очевидная версия, которую стоит упомянуть: в некоторых говорах «кляня» могло быть диалектным вариантом слова «кляча» (плохая лошадь). Но эта гипотеза менее убедительна, так как словообразовательная цепочка «кляча → клянин» менее прозрачна, чем от «кляня». В любом случае, все версии сходятся в одном: прозвище было дано не за добродетели, а за недостатки — либо дурной характер, либо скупость.