Фамилия Клянина образована от прозвища Кляня. В его основе лежит глагол «клясть» — ругать, бранить, желать зла. Такое прозвище могло указывать на сварливый, недобрый нрав человека. Однако это не единственная версия.

В новгородских, смоленских и тамбовских говорах Кляней или Клятей называли скупца, скрягу. В этом случае прозвище отражало уже не характер, а отношение к деньгам — подлого и корыстного человека. Какая из трактовок верна для конкретного предка, сегодня сказать трудно, но обе возможны.

Фамилия стоит в женской форме Клянина. Мужской вариант — Клянин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Клянин, то есть сын или потомок Кляни. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или личных имён, оканчивающихся на -а или -я.

Встречается фамилия и в написании Клянина, и как Клянины. Судя по говорам, регион её возможного возникновения — северо-запад (Новгородская область) или центр России (Тамбовщина). Точных исторических записей о первых носителях не сохранилось, но словообразовательный анализ и диалектные данные дают достаточно ясную картину: предок нынешних Кляниных был либо человеком с тяжёлым языком, либо, наоборот, чрезмерно бережливым хозяином.