Фамилия Кляркин — редкий случай, когда основа почти наверняка не славянская, а немецкая или еврейская. Если отбросить суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — Кляркин, то есть сын или человек Клярки), остаётся корень Клярк-. В нём угадывается немецкая фамилия Klark или Klerk, а ещё точнее — Klärke. В немецком языке глагол klären означает «прояснять, очищать», а Klärke могло быть прозвищем работника на очистных сооружениях, винокура или человека с ясным умом. Однако есть и более бытовая версия: Klark — это вариант фамилии Clark, которая в английском и немецком мирах означала «писарь, клерк» (от лат. clericus). В России таких специалистов, особенно из числа приглашённых немцев или обрусевших колонистов, нередко записывали на слух — так Clark превращался в Клярка, а его дети становились Кляркиными.

Суффикс -ин здесь работает по стандартной восточнославянской модели: от основ на -а или -о (Клярка → Кляркин). Сама форма «Клярка» — это русифицированное бытовое прозвище, которое давали человеку с фамилией Клярк или просто по профессии, если он был писарем. Важно, что фамилия не могла возникнуть из русского слова «кляра» (так называют подливку) — это случайное созвучие.

Географически Кляркины тяготеют к югу России и Украине, где в XIX веке селились немецкие колонисты и ремесленники. Встречается фамилия и в еврейской среде черты оседлости — как вариант фамилии Кларк, полученной при переходе на русские паспорта. Таким образом, предки носителя фамилии Кляркин скорее всего были грамотными людьми — писарями, учителями или управляющими, а сама фамилия — живой памятник тому, как иностранное слово обрастало русскими окончаниями.