Фамилия Ключинский — типичный пример русской фамилии, образованной по географическому принципу. Её основа — не профессия и не личное прозвище, а название населённого пункта. Модель с суффиксом -ский указывает на дворянское или духовное происхождение, но в реальности такую фамилию мог получить любой крестьянин, переселившийся в другую волость и записанный по месту прежнего жительства.

Точкой отсчёта послужили сёла и деревни с названием Ключи или Ключинское. Таких топонимов в России десятки — от Пермского края до Смоленщины. Само слово «ключи» в данном случае означает не отмычки, а родники, водяные жилы, бьющие из-под земли. В народной географии ключом называли источник, ручей, дающий начало речке. Поселения при таких источниках и получали имя Ключи.

Версия с прозвищем Ключ как «изделие для замка» возможна, но менее вероятна. Прозвище Ключ мог получить слесарь, тюремщик или человек, носивший связку ключей как знак должности (например, ключник). Однако фамилия Ключинский, а не Ключов или Ключкин, прямо указывает на топонимическую природу: суффикс -инский типичен для фамилий, образованных от названий на -ичи, -ино, -ское. Если бы предка прозвали Ключом, потомки стали бы Ключёвыми или Ключовыми, а не Ключинскими.

В документах XVII–XVIII веков фамилия встречается в основном среди служилых людей и церковнослужителей. Например, в переписных книгах Казанской губернии упоминаются Ключинские — выходцы из села Ключищи (ныне Татарстан). Позднее фамилия закрепилась в среде сельского духовенства: семинаристы часто получали фамилии по названиям приходов или сёл, где служили их отцы.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: корень ключ- + суффикс -ин- (притяжательный) + суффикс -ский (принадлежность к местности). Двойной суффикс встречается нечасто — он отличает Ключинских от более простых Ключевских или Ключниковых.

Ударение в фамилии плавающее: в центральных регионах говорят Ключи́нский, а на Урале и в Сибири — Клю́чинский. Оба варианта считаются литературными, хотя словари фиксируют ударение на втором слоге как основное.