Фамилия Ключинская — женская форма фамилии Ключинский, а та, в свою очередь, образована от прозвища Ключинский. В основе этого прозвища почти наверняка лежит название населённого пункта Ключи. Топоним Ключи очень распространён по всей России: от Сибири до южных регионов. Слово «ключ» в этом значении — не металлический предмет, а родник, водяная жила, источник, бьющий из-под земли. Человек, получивший прозвище по названию родного села или деревни, становился «Ключинским» — то есть выходцем из Ключей. Модель образования фамилии с суффиксом -ск- типична для географических прозвищ: она указывает на принадлежность к местности, а не на профессию или личное качество.

Есть и другая версия, хотя она менее убедительна. По ней, прозвище Ключинский могли дать служащему, который заведовал продовольственными запасами и носил при себе ключи от кладовых. Но в этом случае логичнее было бы ожидать фамилию Ключарёв или Ключник — именно такие формы закрепились за ключниками на Руси. Суффикс -ск- в профессиональном прозвище встречается редко и чаще указывает на владельческий или топонимический признак. Поэтому версия с родником и селом Ключи выглядит предпочтительнее.

Форма Ключинская — это не просто вариант фамилии, а указание на женскую линию рода. В русской традиции такие фамилии на -ская закрепились в дворянской и духовной среде, но не только: их носили и крестьяне, переселившиеся из одной губернии в другую и получившие прозвище по прежнему месту жительства.