Фамилия Кнырь — одна из тех, где прозвище стало родовым именем почти без изменений. В основе лежит слово «кнырь». В русских, украинских и белорусских говорах так называли борова, то есть кабана-самца. Прозвище могли дать по разным причинам. Самая прямая — внешняя или характерная схожесть: крепкий, сильный, коренастый человек, которого за стать или упрямство сравнивали с хряком. Другой вариант — род занятий: предок носителя фамилии мог разводить свиней или торговать мясом, и прозвище закрепилось за ним по ремеслу.

Есть и вторая версия, менее бытовая, но тоже имеющая право на существование. В дохристианской традиции у восточных славян существовали мирские имена, образованные от названий животных. Кабан в языческих верованиях считался не просто промысловым зверем, а священным животным, которому приписывали дар пророчества и связь с потусторонними силами. Имя Кнырь могли дать ребёнку как оберег — чтобы он перенял силу и выносливость зверя. Эта гипотеза объясняет, почему прозвище могло закрепиться в качестве имени, а затем и фамилии, не имея прямого отношения к характеру первого носителя.

С точки зрения словообразования, фамилия относится к распространённому типу русских, украинских и белорусских фамилий, образованных от прозвищ без добавления суффиксов. Такие бессуффиксные фамилии (как Кнырь, Гусь, Сокол) часто встречаются у потомков запорожских казаков и в южнорусских регионах. Географически фамилия Кнырь встречается на Украине и в южных областях России, что подтверждает диалектное происхождение основы.

Однокоренных фамилий у Кныря немного, что делает её более редкой и локальной. Встречается также вариант с суффиксом принадлежности — Кнырев, но он менее характерен для украинской традиции, где чаще оставляли прозвище в чистом виде.