Основой фамилии Кныр послужило мирское имя Кнырь. Кныром в калужских и тверских говорах называют борова, кабана, хряка. Однако не исключено, что в основе этой фамилии лежит прозвище Кныр, которое мог получить физически крепкий, сильный мужчина. Отсутствие окончания может указывать на украинское или белорусское происхождение фамилии.