Фамилия Кнырик образована от имени или прозвища Кнырь. В калужских и тверских говорах так называли борова, кабана, хряка. Это мирское имя — древний тип имен, которые давали ребенку, чтобы природа воспринимала его как своего, передавая ему качества животного. По другой версии, Кнырь — прозвище физически крепкого, сильного мужчины.

Фамилия построена по редкой словообразовательной модели с суффиксом -ик. В русских фамилиях такой суффикс чаще встречается в западнорусских и украинских землях, где он мог означать «маленький» или «сын»: Кнырик — буквально «сын Кныря» или «маленький Кнырь». Это отличает фамилию от более распространённых вариантов вроде Кнырев (с суффиксом -ев) — если бы фамилию дали по стандартной великорусской модели, мы бы получили Кнырев. Выбор суффикса -ик указывает на возможное происхождение носителей из юго-западных областей или из среды, где сохранялись архаичные прозвищные формы.

Корень «кныр-» встречается и в других славянских языках. В украинском «книр» или «книрка» — тоже названия кабана или хряка. В белорусских говорах «кныр» — боров. Таким образом, фамилия плотно привязана к диалектной лексике восточнославянского ареала, а её носители — потомки людей, которым дали прозвище по внешней или поведенческой схожести с этим животным.