Фамилия Кнырев образована от мирского имени Кнырь. В калужских и тверских говорах так называли борова, кабана или хряка. Такое имя давали ребёнку не случайно: по народным верованиям, называя малыша «звериным» словом, родители как бы прятали его от злых сил. Считалось, что природа примет мальчика за своего и передаст ему силу и выносливость животного. Так древнее прозвище Кнырь легло в основу фамилии, а суффикс -ев добавил значение принадлежности: «чей?» — Кнырев, то есть сын или потомок Кныря.

Фамилия эта довольно редкая и имеет чёткую региональную привязку. По данным переписей, Кныревы чаще всего встречаются в Тверской, Калужской и соседних областях — как раз в зоне бытования тех самых говоров, где слово «кнырь» было в ходу. В других регионах России фамилия почти не встречается, что делает её хорошим маркером происхождения предков из Верхневолжья или центра Русской равнины.

Интересно, что слово «кнырь» имеет и переносное значение — в диалектах так могли назвать упрямого, своенравного человека. Поэтому не исключено, что прозвище Кнырь мог получить не только ребёнок по языческому обычаю, но и взрослый за свой характер. Обе версии не противоречат друг другу: ономастика знает много случаев, когда одно и то же слово становилось и дохристианским именем, и уличным прозвищем.

С точки зрения словообразования фамилия Кнырев проста и прозрачна: основа Кнырь плюс типичный русский патронимический суффикс -ев (после мягкого р). По той же модели образованы Кнырёв (с ударением на ё) — такой вариант тоже встречается, но реже. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кнырев стоит в одном ряду с Кабановым, Боровым, Хряковым — все они восходят к названиям домашних животных, но Кнырев сохранил диалектную, а не литературную основу.

В дореволюционных документах фамилия фиксируется в основном среди крестьянского и мещанского сословия. Дворянских родов Кныревых не известно, что тоже говорит о народном, простонародном происхождении фамилии.