Фамилия Кобыльников образована от прозвища Кобыльник, которое человек мог получить за свою работоспособность (ср. «работать, как лошадь») или, напротив, за леность. Веселовского упоминается родственное прозвище Кобыла и образованные от него фамилии: Андрей Иванович Кобыла, боярин московских князей, середина XIV в.; Сухово-Кобылины, помещики, конец XV в., Новгород; Василий Федорович Кобылка Ржевский, первая половина XV в.; Кобылкины, новгородские бояре, переселенные в конце XV в. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кобыльник, со временем получил фамилию Кобыльников.