Фамилия Кобыльников образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Кобыльников образована от прозвища Кобыльник, которое человек мог получить за свою работоспособность (ср. «работать, как лошадь») или, напротив, за леность. Веселовского упоминается родственное прозвище Кобыла и образованные от него фамилии: Андрей Иванович Кобыла, боярин московских князей, середина XIV в.; Сухово-Кобылины, помещики, конец XV в., Новгород; Василий Федорович Кобылка Ржевский, первая половина XV в.; Кобылкины, новгородские бояре, переселенные в конце XV в. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кобыльник, со временем получил фамилию Кобыльников. О точном месте и времени возникновения фамилии Кобыльников в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Кобыльников представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.