Фамилия Кочерин — одна из тех, что произошла от прозвища, а не от крестильного имени. В её основе лежит слово «кочера». Во владимирских говорах так называли суковатое дерево, пень или корягу. Человека с таким прозвищем могли «наградить» за сутулость — внешнее сходство с корявым, искривлённым стволом. Но есть и другая, менее очевидная версия.

В Пермской губернии «кочерой» называли детскую болезнь, известную как «щетинка». По народному обычаю, чтобы уберечь младенца от хвори или, наоборот, обмануть недуг, ребёнку могли дать «охранительное» имя-оберег — Кочера. Родители надеялись, что такое имя отведёт болезнь и мальчик вырастет здоровым. Со временем это домашнее прозвище закрепилось за человеком и перешло в фамилию — через суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Кочерин, то есть сын или потомок Кочеры.

Фамилия встречается в северных и северо-западных регионах. Например, в Книге памяти Приморского края упомянут механик Кочерин Дмитрий Константинович, родившийся в 1875 году в Архангельске. Эта запись — одно из немногих документальных подтверждений бытования фамилии в дореволюционной России.

Словообразовательная модель проста: прозвище Кочера плюс патронимический суффикс -ин. Такая схема типична для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще возникали от имён и прозвищ на согласный, «Кочерин» стоит в ряду с «Бородин», «Козин», «Птицын».