Фамилия Кочкарин образована по модели, характерной для русского Севера и Поволжья: основа Кочкар- плюс суффинг -ин, указывающий на принадлежность («чей?»). Сначала было отчество Кочкарин, то есть «сын Кочкаря». А Кочкарь — это прозвище или мирское имя, которое стоит разобрать подробнее.

Самый прямой вариант: кочкарь — человек, живущий на кочках, то есть на болотистой, неровной местности. В говорах кочкарь могло означать и «болотный житель», и даже «лягушка» (в переносном смысле — от слова «кочка»). В этом случае фамилия — топографическая, указывающая на место жительства предка: он был родом из болотистой низины, где всё в кочках.

Вторая версия связана с другим значением слова «кочка» — в псковских и тверских говорах так называли копну сена или стог. Тогда кочкарь — крестьянин, который занимается сеном, сгребает его в копны. Это прозвище по роду занятий.

Третья, менее вероятная гипотеза — от тюркского имени Кочкар (Кошкар, Кочкор), что в переводе означает «баран» или «вожак». В русской среде такое имя могло попасть через татар или башкир, но суффикс -ин в данном случае указывает на исконно русское, а не заимствованное образование (сравните с фамилиями типа Акчурин, где суффикс другой). Поэтому версия с кочкой и болотом выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, но не единичная. Встречается в Пермском крае, Удмуртии, Кировской области — как раз в зоне севернорусских и уральских говоров, где слово «кочка» и его производные были в ходу. Родственные фамилии — Кочкин, Кочкарев, Кочканов, но каждая из них образована от своей основы: Кочка, Кочкарь, Кочкан.

Кочкарины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилия не дворянская, не купеческая — она бытовая, из народной среды. Никаких знаменитых носителей в истории не зафиксировано, что только подтверждает её деревенское, непритязательное происхождение.