Фамилия Коконюх — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её главная загадка — в основе. Если отбросить типичный украинский суффикс -юх, остаётся корень «кокон-», который сразу вызывает ассоциации с шёлковой куколкой. Но вряд ли предка прозвали за сходство с коконом: это слишком книжное слово, пришедшее в русский язык из французского (cocon) только в XVIII веке, когда фамилии у крестьян уже формировались.

Гораздо правдоподобнее, что Коконюх — это вариант фамилии, образованной от прозвища Коконя. В украинских и южнорусских говорах «коконя» или «кокань» могло означать нечто округлое, надутое, а в переносном смысле — человека с тяжелым, медлительным характером или, наоборот, того, кто «надувается» от важности. Суффикс -юх (как в фамилиях Костюх, Пантюх) типичен для западных и центральных областей Украины — Волыни, Подолья, Полтавщины. Он часто придавал прозвищу оттенок просторечия или даже пренебрежения: Коконюх — «сын или человек Кокони».

Версия с тюркским следом маловероятна. В тюркских языках есть слово «кокон» (синий, голубой), но оно не объясняет суффикса. Если бы фамилия была Коконов — можно было бы говорить о тюркском имени Кокон, но -юх крепко привязывает фамилию к украинской антропонимической модели.

Таким образом, Коконюх — скорее всего патроним (отчество) от прозвища Коконя, которое дали человеку за внешность или повадки. Фамилия бытовала в крестьянской среде Правобережной Украины, и её носители — потомки человека, которого в округе звали Коконей. Точных дат и списков известных людей по этой фамилии нет, но в реестрах казацких полков XVII–XVIII веков подобные прозвища встречаются, так что корни фамилии могут уходить в запорожскую или гетманскую старину.