Фамилия Коконина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Коконин. Её ядро — прозвище или неканоническое имя Коконя. В русских говорах «коконя» — слово многозначное, но почти всегда с оттенком ласки или иронии. В словаре В. И. Даля «коконя» — это «кукла, игрушка», а в переносном смысле — «щеголь, франт», то есть человек, который любит наряжаться, следит за собой. В некоторых диалектах так называли человека маленького роста или, наоборот, изнеженного, «кутающегося» — как кокон. Вполне вероятно, что прозвище Коконя дали либо нарядному мужчине, либо ребёнку, которого ласково называли «коконькой».

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования фамилий от основ на -а/-я: «чей?» — Коконин, то есть сын Кокони. Такая модель была особенно распространена в северных и центральных регионах России, где прозвища и мирские имена часто переходили в фамилии без дополнительных суффиксов. Фамилия Коконин встречается в документах с XVII века, например, в переписных книгах Вятки и Перми Великой — там упоминаются крестьяне Коконины. Это говорит о том, что фамилия не была дворянской, а бытовала в среде крестьян и посадских людей.

Редкость фамилии объясняется необычной основой: слово «коконя» почти вышло из живого употребления, а производные от него фамилии (Коконин, Коконев, Кокорев) не получили массового распространения. По сравнению с фамилиями на -ов, которые образованы от тысяч имён и прозвищ на твёрдый согласный, Коконин стоит особняком. Если ваш предок носил эту фамилию, он, скорее всего, был родом из северной или уральской деревни, а его прозвище могло означать либо «кукольный, нарядный человек», либо «маленький, домашний» — в зависимости от местного говора.