Фамилия Кокшеева образована от прозвища Кокшей, и у этого прозвища есть несколько возможных объяснений. Самая прямая версия отсылает к русскому диалектному глаголу «кокшить» — «бить, убивать, лишать жизни». В этом случае Кокшеем называли драчуна или забияку. Однако значение могло быть и более мирным: в говорах «кокша» — это сухой пень или дерево с обломанной верхушкой. Такое прозвище мог получить человек, чей дом стоял рядом с приметным деревом, или, иносказательно, одинокий человек.

Кроме того, у некоторых тюркских народов было личное имя Кокша, которое давали голубоглазым детям (от тюркского «кок» — «синий, голубой»). В этом случае фамилия могла возникнуть не из прозвища, а из крестильного или мирского имени.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или -й. Поскольку прозвище Кокшей заканчивалось на -ей, фамилия в женском роде закономерно пишется Кокшеева. В русской антропонимике суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), поэтому буквально фамилия означает «потомок Кокшея». Географически фамилия встречается в разных регионах, но её тюркская версия чаще связывается с Поволжьем и Приуральем, где исторически были сильны контакты с тюркскими народами.