Фамилия Кокшенёвы — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а диалектный глагол. Исходное прозвище Кокшень образовано от русского «кокшить» — бить, колотить. Так могли назвать человека вспыльчивого, драчливого или, напротив, того, кто бил масло, лён или что-то мастерил ударным способом. Глагол этот жив в северных и сибирских говорах, поэтому географически фамилия тяготеет к Русскому Северу.

Суффикс -ев (под ударением — -ёв) указывает на притяжательную модель: «чей?» — Кокшенёв, то есть сын или потомок Кокшеня. Ударение на последнем слоге отличает фамилию от похожих по написанию (Кокшенов) и закрепляет её звуковой облик.

В народе прозвище Кокшень могли осмыслить и по-другому. В некоторых говорах «кокша» — это сук, кривое дерево или одинокий пень. Отсюда иносказательное значение: нелюдимый, угрюмый человек, «как пень». А у тюркских народов, в частности у татар и башкир, имя Кокша означало «голубоглазый» (от «күк» — синий, голубой). Если предок носителя фамилии был из смешанной среды, возможна и тюркская версия — прозвище по цвету глаз.

Однокоренные фамилии — Кокшин, Кокшаров, Кокшаев — разошлись по разным суффиксальным моделям. Кокшенёв стоит особняком: у него редкий формант -енёв, который встречается в фамилиях от прозвищ с основой на мягкий согласный (ср. Ершенёв, Клешенёв). Это дополнительный аргумент в пользу того, что прозвище Кокшень произносили именно с мягким знаком на конце.

Точное время возникновения фамилии назвать сложно. Прозвищные фамилии такого типа в крестьянской среде закреплялись в XVI–XVII веках, но в документах Кокшенёвы могли фиксироваться позже, так как жили вдалеке от центральных переписей. Сейчас фамилия встречается редко, преимущественно в Архангельской, Вологодской и Кировской областях — там, где глагол «кокшить» был в ходу.