Фамилия Кокшенева — женская форма от Кокшенев, а та в свою очередь образована от прозвища или нецерковного имени Кокшень. В основе, скорее всего, лежит русский диалектный глагол «кокшить» — «бить, убивать, лишать жизни». Если так, то Кокшенем называли драчуна, забияку, человека с крутым нравом. Такая версия самая прямая и правдоподобная, поскольку модель «глагол + суффикс -ень» типична для русских прозвищ, характеризующих поведение (ср. вертень, кистень).

Но у этой фамилии есть и другая, менее очевидная нить. В северных говорах «кокша» — это сухое дерево, коряга, пень. Прозвище Кокшень мог получить человек, чей дом стоял рядом с таким деревом или на пустоши, поросшей сухостоем. Иносказательно так могли называть одинокого, «сухого» человека, нелюдимого. Эта версия не противоречит первой, но уводит нас от характера к месту жительства или внешней черте.

Наконец, есть версия тюркская. У некоторых тюркских народов бытовало имя Кокша, где «кок» означает «синий, голубой». Так могли назвать голубоглазого ребенка. В этом случае фамилия Кокшенева — потомок человека по имени Кокша, но с русским суффиксом -ев-, который присоединился к основе на -а, дав форму Кокшев, а затем и Кокшенев (через чередование ш/шн или под влиянием народной этимологии). Эта версия слабее остальных: имя Кокша на русской почве дало бы фамилию Кокшин, а не Кокшенев. Поэтому основное, рабочее объяснение — прозвище от «кокшить» или от «кокша» (сухое дерево). Выбор между ними зависит от того, кем был первый носитель: буйным соседом или молчаливым отшельником, жившим у старой коряги.