Фамилия Кокташева — женская форма фамилии Кокташев, которая образована от прозвища Кокташ. Его дали по названию горы Кокташ (в переводе с тюркского «кок» — голубой, «таш» — камень, то есть «голубой камень»). Речь идёт о куполообразной лесистой горе с обрывистым утесом в Белогорском районе Крыма. Вероятнее всего, основатель рода был выходцем оттуда, и его прозвище закрепилось за потомками как фамилия.

Однако есть и другой аспект: топоним Кокташ встречается не только в Крыму. В Забайкалье, например, в Книге памяти Читинской области зафиксирован Кокташев Афанасий Васильевич 1906 года рождения из села Елкино Нерчинского уезда. Это указывает на то, что фамилия могла возникнуть в разных регионах независимо — там, где было своё урочище или гора с таким названием. Поэтому связывать всех носителей исключительно с крымским Кокташем было бы неверно.

Суффикс -ев в фамилии стандартный для русского языка: он указывает на принадлежность («чей?» — Кокташев, то есть сын Кокташа). Модель образования типична для русских фамилий, возникших от прозвищ на -аш (ср. Гуляш → Гуляшев, Кумаш → Кумашев). Само прозвище Кокташ — тюркское по происхождению, что неудивительно для южных регионов, где русские фамилии часто вбирали в себя местные географические названия.

Фамилия редкая, её носители встречаются в основном в Сибири и на Дальнем Востоке, что подтверждает версию о забайкальском следе.