Фамилия Колганенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, самой распространённой на Левобережной и Степной Украине. Суффикс -енко в XVI–XVIII веках означал «маленький», «сын» или «потомок»: Колганенко — это буквально «маленький Колган» или «сын Колгана». Так что в основе фамилии лежит прозвище или дохристианское имя Колган.

Само слово «колган» в украинских говорах имеет несколько значений. Самое вероятное — от тюркского «колган» (оставшийся, остаток). В казацкой среде так могли прозвать последнего, запоздалого ребёнка в семье, либо человека, который остался на месте, когда все ушли. Есть и другая версия: в южнорусских и украинских диалектах «колган» — это неопрятный, грубый человек, иногда — большой, нескладный. Третье значение — растение колган (калган, лапчатка прямостоячая), корень которого использовали как пряность и лекарство; прозвище могли дать травнику или торговцу этим корнем.

Фамилия Колганенко почти не встречается за пределами Украины и юга России. Её очаг — Полтавская, Черкасская, Кировоградская области, откуда с переселенческими потоками XIX–XX веков она попала на Кубань и Дон. В метрических книгаях XVIII–XIX веков можно встретить варианты написания: Колганенко (через «о») и реже — Калганенко (через «а»), что указывает на колебание в произношении безударного гласного.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые закрепляли за крестьянами после отмены крепостного права, Колганенко — типичная «родовая» фамилия казацкой старшины и свободных селян. Она не указывает на профессию или сословие, а просто называет человека по его предку-прозвищу. Носитель фамилии Колганенко с высокой вероятностью происходит из среды запорожских или слободских казаков, чьи фамилии на -енко стали наследственными уже в XVII веке.