Фамилия Колькин — одна из тех, что образованы от уменьшительной формы имени. Её основа — просторечное Колька, которое в разных диалектах могло звучать и как Колькя. Это производное от канонического имени Николай, греческого по происхождению и означающего «победитель народов». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Колькин буквально значит «чей?» — сын, внук или человек из семьи Кольки. Такая модель типична для русских фамилий, особенно в северных и центральных губерниях, где -ин так же распространён, как -ов на юге.

Интересно, что фамилия могла возникнуть не только от имени, но и от прозвища. В некоторых говорах «колька» — это деревянный клин или колышек, которым крепили что-либо. Прозвище Колька могли дать плотнику, столяру или просто человеку с характерной внешностью — угловатому, худому, «колючему». В этом случае фамилия Колькин оказывается не патронимической, а прозвищной, что реже, но вполне возможно.

География фамилии довольно широкая, но с заметным перекосом в сторону северо-запада России. В Псковской, Новгородской и Ленинградской областях Колькины встречаются чаще, чем в среднерусских регионах. Это косвенно подтверждает версию об имени Николай: на Севере уменьшительная форма Колька была особенно употребительна, в то время как на юге чаще говорили Никола или Микола.

В документах фамилия фиксируется с XVII века. Например, в переписных книгах Вологодского уезда за 1678 год упоминается крестьянин Ивашко Колькин. Это типичный пример: носители фамилии были в основном крестьянами и посадскими людьми, реже — мещанами. Дворянских родов Колькиных не известно, что логично: фамилии на -ин от просторечных форм имени редко встречались в высших сословиях, где предпочитали полные имена или фамилии на -ский.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кольцов, Кольцовский — показывает разницу в словообразовании. Кольцов восходит к прозвищу Колец (от «кольцо»), а Колькин — строго к личному имени или прозвищу Колька. Путать их не стоит, хотя в быту они могли звучать похоже. Есть и редкая фамилия Колькен, встречающаяся у потомков немецких колонистов, но это совсем другая история, не имеющая отношения к русскому Колькину.