Фамилия Колкотин образована от прозвища Колкота, и её значение напрямую связано с тем, как в старых русских говорах называли дорожную непогоду. Владимир Даль в своём «Толковом словаре живого великорусского языка» зафиксировал слово «колкота» — это мерзлая, разбитая грязь на пути, а в южных и западных говорах так описывали тряскую, ухабистую дорогу. Казалось бы, при чём тут человек? А вот при чём: в переносном смысле Колкотой могли прозвать человека тяжёлого, малообщительного, с которым «ехать» так же неприятно, как по колкоте, — подозрительного и равнодушного.

Но есть и другая версия, более прямая. Если отталкиваться от прилагательного «колкий», то прозвище получает совсем иной оттенок. Колкотой называли острослова, язвительного человека, у которого слово — как иголка. Обе трактовки возможны, потому что обе описывают характер через бытовое, понятное крестьянину ощущение — колкости, будь то дорога или язык.

Третья версия уводит в ремесло. Слово «колка» означало приспособление для сушки выделанной кожи. В этом случае прозвище могло закрепиться за скорняком — человеком, который работал с кожей. Фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Колкотин, то есть сын или потомок Колкоты. Такая модель (прозвище + -ин) типична для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а, и широко распространена в северных и центральных областях России.

Какую из трёх версий считать основной — вопрос выбора. Первая (от «колкоты» как дорожной грязи) семантически богаче и необычнее, вторая (от «колкий») — проще и прозрачнее, третья (от «колки» скорняка) — самая конкретная, но менее вероятная, так как в основе чаще лежит прозвище, а не название инструмента. Скорее всего, фамилия Колкотин в разных ветвях одного рода могла возникать независимо и из разных источников — такова природа русских прозвищных фамилий.