Фамилия Колкунцова — один из тех случаев, когда географическая привязка оказывается важнее морфологического разбора. Её основа — не прозвище и не личное имя, а топоним. Перед нами так называемая «географическая» фамилия, образованная от названия населённого пункта, а не от ремесла или черты характера предка.

Корень «Колкун» указывает на возможное происхождение от названия села или деревни Колкуны (или Колкуново). Такие топонимы встречаются в исторических областях расселения восточных славян, особенно на западе и юго-западе современной России, а также в Белоруссии. Суффикс -цов- в фамилии — это вариант патронимического суффикса -ов-, но с дополнительным элементом -ц-, который часто появляется в фамилиях, образованных от названий на -ун, -ец. То есть «Колкунцов» буквально означало «сын человека из Колкунов» или «выходец из Колкунов».

Само слово «колкун» в диалектах имеет несколько значений. В северных и сибирских говорах так могли называть колдуна, знахаря или ворожея. Но в контексте фамилии, образованной от топонима, эта версия менее вероятна: прозвище Колдун скорее дало бы фамилию Колдунов, а не Колкунцов. Более правдоподобно, что «колкун» — это местное название какого-то растения (например, колючего кустарника) или же искажённое «колокун» — вид травы. В таком случае название деревни могло произойти от особенности местности.

Фамилия Колкунцова — довольно редкая. Её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких близких родов, чьи предки переселились из одной местности и сохранили в фамилии память о покинутом селе. Окончание -а указывает на женскую форму, но в русской традиции она закрепилась как неизменяемая часть фамилии для женщин, в то время как мужская форма — Колкунцов. Найти точное место происхождения можно только через генеалогические изыскания, но сама структура фамилии надёжно указывает на её «топонимический» характер, а не на прозвищный.