Фамилия Колкунов образована от прозвища Колкун, которое, вероятно, восходит к слову «колка» - «приспособление для сушки кожи». Соответственно, основатель рода Колкуновых мог быть скорняком — мастером по изготовлению изделий из кожи и меха. Возможно также, что прозвище Колкун связано с прилагательным «колкий». В таком случае Колкуном могли прозвать человека, острого на язык, способного уколоть словом. Согласно еще одной гипотезе, прозвище Колкун восходит к северному глаголу «колкать», то есть «стучать». Следовательно, прозвище Колкун мог получить сторож: в старину сторожа стучали деревянной колотушкой, возвещая так о своем присутствии на посту. Не исключено и то, что прозвище Колкун ведет начало от диалектного слова «колкун», которое в севернорусских говорах означает «индюк». Такое прозвище могли дать человеку, занимавшемуся разведением индеек, или же тому, кто сам внешне или по поведению чем-либо напоминал этих птиц, например, отличался гордой походкой, важным видом или тучностью. По другой версии, именование Колкун представляло собой не прозвище, а языческое личное имя, которое также восходит к слову «колкун» в значении «индюк». Давая младенцу такое имя, как Колкун, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделена эта птица. Так и прозвище Колкун закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Колкунов. В результате прозвище человека закреплялось за его потомками и домочадцами, оформляясь при этом различными суффиксами, чаще всего суффиксами принадлежности -ов/-ев, -ин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Колкун, со временем получил фамилию Колкунов.