Фамилия Колкуова — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного глазу суффикса -ин или -ский, а основа заканчивается на -ов, что типично для фамилий, образованных от прозвищ или названий профессий. Ключ к разгадке — в корне «колк-».

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «колкий». В русских говорах «колкий» означало не только «тот, кто колется», но и «язвительный, острый на язык, насмешливый человек». Прозвище Колкий или Колкун мог получить человек с едким характером, любитель поддеть словом. Суффикс -у(н) в основе (Колкун) указывает на деятеля, того, кто постоянно «колет» словами. Фамилия Колкуова — это форма женского рода от мужской Колкуов, то есть «жена или дочь Колкуова». Мужской вариант, Колкуов, образован от прозвища Колкуй или Колкун через притяжательный суффикс -ов: «чей? — Колкуов».

Менее распространённая гипотеза отталкивается от значения «колоть, раскалывать». В этом случае прозвище могли дать дровосеку, лесорубу или мастеру по колке льда. Однако эта версия слабее: прозвища по действию обычно образовывались через суффикс -арь (Коларь) или -щик (Кольщик), а не через -ун.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где диалектное слово «колкий» было в ходу. Встречается она и в Карелии, и в Архангельской области, что косвенно подтверждает связь с характером, а не с ремеслом — на Севере ценили точное слово.

По сословному составу носители, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам. Фамилия недворянская, без родового герба, и фиксируется в метрических книгах поздно, в основном с конца XVIII века. Интересно, что написание с двойным «о» на конце — Колкуова, а не Колкуева — указывает на то, что основа прозвища заканчивалась на твёрдый согласный (Колкун, Колкуй), а не на мягкий. Это ещё один аргумент в пользу прозвища, а не имени.