Фамилия Колоболденко — редкий пример украинской фамилии, в основе которой лежит не имя и не ремесло, а шумное прозвище. Суффикс -енко (в старых формах -енк(о)) указывает на типичную модель украинских фамилий, означавшую «сын» или «потомок». То есть Колоболденко — это буквально «сын Колоболда».

Корень фамилии — «колоболд» — звукоподражательный и экспрессивный. В украинских говорах «колоболдити» означало «говорить бестолково, молоть чепуху» или «делать что-то невпопад, суетиться без толку». Слово родственно диалектному «колобродить» — бродить бесцельно, путаться под ногами. Прозвище Колоболд могли дать человеку суетливому, болтливому или рассеянному, который постоянно создавал шум и неразбериху.

Интересно, что в отличие от более известных «спокойных» фамилий (типа Шевченко — от сапожника), Колоболденко несёт оттенок иронии или лёгкого неодобрения. Такие прозвища часто закреплялись за людьми с заметными чертами характера или поведения, причём не обязательно отрицательными — скорее, яркими и запоминающимися.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и восточных областях Украины, с редкими выходами в южнорусские регионы. Вариант с буквой «о» во втором слоге (Колоболденко, а не Колобалденко) более устойчив и подтверждается словарями украинских фамилий, хотя в бытовой записи возможны искажения. Других версий происхождения — от географических названий или канонических имён — для этой фамилии нет: корень «колоболд» слишком специфичен и не встречается в топонимике.