Фамилия Колонеец — редкий случай, когда географическое прозвище закрепилось в форме, не типичной для русской ономастики. В её основе лежит название итальянского города Колоньо (Cologno) или села с похожим корнем, а суффикс -еец указывает на выходца оттуда. В русском языке такие модели встречаются редко и чаще свойственны украинской или белорусской традиции, где -ец активно образовывал фамилии от названий населённых пунктов (например, Киевец, Полтавец). Поэтому первая и главная версия: Колонеец — это «человек из Колоньо» или из места с похожим названием.

Менее вероятно, но возможно, что фамилия связана с польским словом kolonia — «колония, поселение». В таком случае Колонеец мог означать жителя колонии, то есть переселенческого посёлка. Однако эта версия слабее, потому что прилагательное от kolonia дало бы скорее Колоньский или Колоняк, а не Колонеец.

Суффикс -еец — ключевая деталь. В русских фамилиях он встречается значительно реже, чем -ов/-ев или -ин, и почти всегда указывает на прозвище по месту жительства. В украинском языке, напротив, -ец — один из самых распространённых фамильных суффиксов. Это наводит на мысль, что предки носителей фамилии могли быть выходцами с западнорусских земель или из Речи Посполитой, где подобные модели были в ходу.

Исторически фамилия могла появиться не в результате прямого переселения из Италии, а как прозвище, данное человеку, который побывал в тех краях или торговал с итальянскими купцами. В XVII–XVIII веках в Россию приезжали мастера, архитекторы и военные из Италии, и их могли называть по месту происхождения: «Колонеец» — то есть из Колоньо. Со временем прозвище закрепилось за потомками, утратив прямую связь с географией.

Сегодня фамилия встречается крайне редко, в основном на юге России и Украине, что косвенно подтверждает её возможное происхождение из западных или южных регионов. Вариант написания с двойной «н» (Колоннеец) в документах почти не фиксируется, хотя этимологически был бы точнее.