Фамилия Колонжова — редкий случай, когда окончание -а не указывает на женский род, а входит в основу. Перед нами, скорее всего, вариант фамилии Колонжов, где суффикс -ов- присоединён к основе Колонж-. В русской ономастике фамилии на -жов, -жёв встречаются нечасто и обычно связаны с южнорусскими или белорусскими говорами, где произошло смягчение или отвердение шипящих.

Самая вероятная основа — прозвище Колонжа. В диалектах русского языка слово «колонжа» могло означать неуклюжего, неповоротливого человека, возможно, от глагола «колыхаться» или «колотиться» (ср. колонда — болван, дурак в псковских говорах). Другая версия отсылает к названию животного: в некоторых регионах «колонжой» называли лесную куницу или хорька (от финно-угорского «колонок»). Тогда прозвище мог получить зверолов, либо человек, внешне или по характеру напоминавший этого зверька — юркий, ловкий или, наоборот, с тёмным мехом волос.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. Форма с суффиксом -ов- — типично русская, а сама основа могла быть заимствована из украинского или польского языков (ср. польск. kolęda — коляда, но здесь скорее иная семантика). Встречается также вариант Колонжев, где -ев- указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий шипящий.

Сословно фамилия недворянская. Носители Колонжовых, судя по архивным записям XIX века, были в основном крестьянами и мещанами Курской, Воронежской и Полтавской губерний. Никаких знаменитых представителей с этой фамилией в истории не зафиксировано, что типично для фамилий, образованных от узко-диалектных прозвищ.

Коротко: Колонжов — «сын Колонжи», где Колонжа — либо прозвище по характеру (неповоротливый), либо по ремеслу (охотник на колонков). Суффикс -ов- стандартный, а редкость фамилии объясняется узостью диалектной основы.