Фамилия Колуханов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она является фонетической (звуковой) версией более распространённой фамилии Колыханов. В русском языке такое чередование встречается: неударное «ы» могло перейти в «у» в говорах или при записи фамилии малограмотным писарем. Поэтому искать корень, скорее всего, нужно в глаголе «колыхать» — «качать, волновать, колебать».

От этого глагола образовали прозвище Колыхан. Что оно могло означать? Есть две правдоподобные версии, и вторая выглядит убедительнее. Первая — по характеру: так могли назвать человека неуверенного, «качающегося» или слабо держащегося на ногах. Но чаще такие прозвища давали по занятию. «Колыхать» в переносном смысле означало укачивать, баюкать — Колыханом могли называть няньку или того, кто нянчил детей. Кроме того, в крестьянском быту «колыхать» относилось к веянию зерна: колыхать, то есть очищать зерно от мякины, встряхивая на ветру или лопатой. Прозвище могло закрепиться за работником на току или за тем, кто ворошил сено.

Суффикс -ан в основе типичен для русских прозвищ, он придавал слову разговорный, даже фамильярный оттенок (сравните: болтун, крикун, мазун). А фамильный суффикс -ов указывает на принадлежность: Колуханов — сын или потомок Колыхана (Колухана). Так что предок носителя этой фамилии, скорее всего, не был безвольным человеком, а занимался конкретной работой: либо растил чужих детей, либо веял хлеб.