Фамилия Колуханова — один из тех случаев, когда написание исказило первоначальный смысл. Скорее всего, перед нами фонетическая версия более распространённой фамилии Колыханов. Разница в одной букве — «у» вместо «ы» — могла возникнуть из-за особенностей местного говора (аканья или простой неграмотности писаря, который записывал фамилию на слух). В результате корень «колых-» превратился в «колух-».

Исходное прозвище Колыхан образовано от глагола «колыхать» — качать, волновать, колебать. В народной речи это слово имело два основных значения. Первое — бытовое: так могли назвать няньку или кормилицу, которая укачивает ребёнка, или человека, постоянно качающегося с ноги на ногу от неуверенности. Второе — профессиональное: «колыхать» означало также веять зерно, очищая его от мякины и плевел. Работа эта была сезонной и требовала особого ритмичного движения лопатой, отсюда и прозвище.

Таким образом, прозвище Колыхан закреплялось либо за человеком определённой профессии (веяльщик зерна), либо за тем, чья походка или манера поведения казались окружающим похожими на колыхание. Поскольку прозвища на -ан (-ян) в русском языке часто указывали на характерный признак или занятие, вторая версия выглядит более правдоподобной.

При образовании фамилии действовала стандартная модель: к основе прозвища (Колыхан) добавился типичный русский суффикс принадлежности -ов, после чего фамилия приобрела форму Колыханов. А уже в документах или при переписи «ы» могло перейти в «у» — так и появился вариант Колуханов. Потомок человека по прозвищу Колыхан, сам того не зная, носит фамилию, которая хранит память о занятии или особенности далёкого предка.