Фамилия Комальцев — один из тех случаев, где корень слова не очевиден, а суффикс подсказывает географию. Принадлежность к модели на -ев (а не на -ов) указывает, что основа фамилии заканчивалась на мягкий согласный или «й». В данном случае это, скорее всего, вариант отчества от прозвища или имени Комаль (или Комальц).

Самая прямая версия связывает фамилию с диалектным словом «комаль» — в ряде южнорусских и украинских говоров так называли комара, мошку, а также человека маленького роста или назойливого. Прозвище Комаль могли дать либо за внешность (невысокий, щуплый), либо за характер (приставучий, не дающий покоя). Тогда Комальцев — это «чей-то сын?»: сын Комаля, внук Комаля.

Есть и альтернативная, более редкая, но не менее правдоподобная гипотеза. В некоторых областях «комаль» или «комелек» означало обрубок, чурбан, короткий кусок дерева. В таком случае прозвище могло относиться к человеку плотного телосложения или, напротив, к тому, кто был «коротышкой» в прямом смысле. Связь с ремеслом маловероятна: плотника бы назвали по инструменту или действию, а не по материалу.

Обратите внимание на суффикс -цев. Это характерная черта фамилий, которые формировались в среде служилых людей и крестьян центральной России в XVI–XVII веках. Форма «Комальцев» (а не «Комалев») указывает, что в основе лежало не имя Комаль, а прозвище или имя Комальц, где суффикс -ец давал уменьшительно-пренебрежительный оттенок. То есть полная цепочка: Комаль → Комальц (маленький комар) → Комальцев (потомок Комальца).

Географически фамилия встречается нечасто, но устойчиво фиксируется в Воронежской, Тамбовской и Ростовской областях — то есть в зоне распространения южнорусских говоров, где слово «комаль» было в ходу. Встречаются также варианты написания Комальцов (с твёрдым окончанием), что может быть результатом поздней канцелярской ошибки или местной фонетики.

Итог: фамилия Комальцев — это отчество от прозвища или имени, связанного с комаром (или, реже, с чурбаном). Предки носителя, скорее всего, были крестьянами или однодворцами из чернозёмных губерний, а прозвище получили за малый рост или неугомонный нрав.