Фамилия Комендарь представляет собой застывшую форму аналогичного прозвища, которое восходит к слову «комендант». Это слово было достаточно давно заимствовано русскими из французского языка, где commandant – это «командир», «начальник», что в свою очередь происходит от латинского commendo – «вверяю», «поручаю». Скорее всего, прозвище Комендарь указывало на социальное положение человека: возможно, он был военным начальником какой-либо крепости или армейского подразделения. Однако не исключено, что такое прозвище мог получить и тот, кто не был связан с армией. В таком случае Комендарем могли называть главу какой-либо деревни. Возможно также, что это прозвище указывало и на личностные особенности: властность, гордость. Суффикс –арь указывает на чешское или польское происхождение фамилии, поскольку данный суффикс наиболее продуктивен в этих славянских языках.